Постановлением Лесосибирского горисполкома от июня 1988 г. было решено открыть городской музей на общественных началах, посвященный основной  отрасли  города – лесной. Открытие состоялось 1 мая 1989 г.

С 1990 г. на основании постановления Краевого управления культуры музей приобретает статус филиала Енисейского краеведческого музея. Решением Лесосибирского горисполкома № 285 от 20.11.1991 и приказом Красноярского краевого управления культуры № 389 от 26.12.1991 филиал преобразуется в Государственный музей леса и древесины. В 2004 г. «Музей леса» переименован в «Городской музей». На изменение профиля музея изменение названия не повлияло, т.к. по объективным причинам не смотря на заявленную профильность как «музей леса», он в реальности представлял собой краеведческий музей. Поэтому чтобы внести в соответствие с реальным состоянием постановлением администрации города Лесосибирска № 586 от 21.12.2010 музей получает название «Лесосибирский краеведческий музей».

В октябре 2017 года “Городской выставочный зал”, по адресу Привокзальная 9, был реорганизован и присоединен к музею.