Постановлением Лесосибирского горисполкома от июня 1988 г. было решено открыть городской музей на общественных началах, посвященный основной отрасли города – лесной, имеющий более 100 единиц хранения основного фонда и более 800 единиц научно-вспомогательного фонда. Первоначально руководителем музея была Галина Георгиевна Канкеева. В июне 1988 года приняли на работу организатором музея Шайдт Александра Александровича. В феврале 1989 года открываются три экспозиционных зала: "Историко-революционное прошлое", "Сибирский быт", "Современный город". Через год открывается зал "Боевая слава".

1 мая 1989 года в г. Лесосибирске состоялось открытие музея.

С 1990 г. на основании постановления Краевого управления культуры музей приобретает статус филиала Енисейского краеведческого музея. Решением Лесосибирского горисполкома № 285 от 20.11.1991 и приказом Красноярского краевого управления культуры № 389 от 26.12.1991 филиал преобразуется в "Государственный музей леса и древесины". Директором назначается Шайдт Александр Александрович.

В течение следующих десятилетий специфика музея значительно расширилась - исследовалась история освоения среднего течения реки Енисей, обычаи и традиции аборигенов, русского населения. Проводились археологические раскопки, изучалась история и этнография населенных пунктов, быт и занятость людей. Фактически, «Музей леса» стал краеведческим музеем.

24 февраля 1994 г. постановлением администрации города Лесосибирска № 123 регистрируется Устав музея как муниципального предприятия культуры.

В 2004 году МУ «Музей леса» переименован в МУ «Городской музей», изменилось не только название, изменился профиль учреждения, выставки отражают историю города: «От острога к городу», «Мир сибирской избы», «Они прославляли город», «Приметы времени» и многие другие. Музей взял установку на новые формы сбора исторических документов – Видеосъемка сюжетов и документальных фильмов, положено начало формированию видеофонда музея.

В октябре 2017 года в состав "Лесосибирского краеведческого музея" вошел "Городской выставочный зал", открытый в 1984 году. Таким образом, на сегодняшний день в состав МБУК «Лесосибирский краеведческий музей» входят четыре корпуса, в трёх из которых расположены экспозиционно-выставочные площади.

 В настоящее время в музее регулярно проходят лекции, тематические встречи, выставки, экскурсии, праздничные мероприятия, мастер-классы, квесты и программы внеурочной деятельности.